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一、植物總DNA提取設備配置，植物總DNA提取的所需的設備有：研缽、液氮罐、電熱恒溫水浴鍋、小容量離心機、大容量離心機、冰箱、紫外分光光度計等。
二、PCR反應系統設備配置，一個實驗室要能進行PCR反應實驗，一般要具備以下實驗設備：超凈操作臺、渦旋振蕩器、小容量離心機和PCR儀。由于PCR技術的提高，其對環境的要求也有所降低，所以為了方便，許多人做PCR反應已不在無菌操臺上進行了。盡管如此，超凈操作臺還是分子實驗室不可缺少的儀器，有不少實驗是須在超凈操作臺上進行的。
三、凝膠電泳及顯色系統設備配置，凝膠電泳系統的主要功能是檢測提取的總DNA質量及PCR擴增產物。整個過程的完成需電泳儀、電泳槽、微波爐、搖床、膠盆、燈箱、紫外燈和一些常規的小件工具。
四、凝膠成像及數據處理系統設備配置，為了能觀察、記錄實驗過程、長時間地保存實驗結果以及對大量分子數據進行處理分析，凝膠成像、圖像保存及數據處理系統是不可少的。對于分子植物育種實驗來說，分子數據的獲得及分析是分子育種中非常核心的一步。只有對所得分子數據結合表型數據進行充分詳實的分析，才能在實際育種中有更有效的運用。這一系統主要包括凝膠成像系統、掃描儀、及各類生物應用軟件。
五、其它的常規設備，分子生物學實驗對實驗操作環境及反應溶液的條件要求很高。首先，是實驗用水的水質要好、純度要高。大部分實驗用水都要求是超純水。因此需配置純水器和超純水器。其次，是無菌環境。離心管、Tip頭、一些配溶液的器皿以及不少溶液都需滅菌消毒。因而高壓滅菌鍋和烘干箱也是分子實驗室必不可少的。很多的實驗過程要始終在無菌條件下進行，所以無菌操作臺是不可缺少的。再者，是溶液的取樣、pH值要準確，溶液純度要高。故高精度的電子天平和pH計是配藥時所需的儀器，而磁力加熱攪拌器則是配的一個好幫手。還有移液器，它是一種準確取樣的儀器，根據取樣量的需要，可選擇不同取樣大小的移液器分子。這就需要有良好的冷藏系統，一般分子實驗室要具備4℃、-20℃的冰箱，條件較好的好有-70℃的超低溫冰箱。
六、易耗品，作為一個分子實驗室，易耗品是相當多的，在這里主要提到一些用量比較大的用品。首先，是手套。在實驗室里，每當接觸時，不管是否有毒，原則上都得戴上手套，所以手套的用量是相當大的。其次，是Tip頭和Tip頭盒。Tip頭與移液器配套用于移取溶液、加樣等。還有離心管及離心管架，這些離心管須與實驗室的離心機和PCR儀相匹配，而離心管架也得與離心管配套。玻璃板、梳子、膠條和夾子，這也要根據實驗室的電泳槽而定，通常買電泳槽時會有配備一些，不過這些量一般是不夠的，還得自己另行購買。
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